Para além dos diversos exemplares de cerâmica rústica portuguesa dos sécs. XVI a XIX, a colecção de cerâmica do Museu inclui um conjunto de peças em faiança e porcelana de origem essencialmente portuguesa, além de provenientes de Inglaterra, da Holanda ou do Oriente.
A maior parte das peças que chegaram até nós são peças da Real Fábrica do Rato, porcelana de Vista Alegre, Caldas da Rainha, de Estremoz e Sacavém.
O elemento mais importante desta colecção é, sem dúvida, a escudela de Pedro de Faria, peça de porcelana azul e branca da dinastia Ming, com o selo (Nien-Hao) do imperador Kia-Tsing. Peça rara, apresenta a inscrição Em tempo de Perero de Faria 1541, e fazia parte de uma baixela encomendada por Pedro de Faria, capitão de uma feitoria em Malaca a um artíficie local.